Mellom de årlige konferansene jobber Arctic Frontiers sekretariat sammen med partnerne med alle de fem søylene som Arctic Frontiers bygger på; Policy, Business, Science, Arena og Young. Gjennom seminarer, åpne debatter, workshops, prosjekter og nettverksmøter både i Norge og i utlandet setter Arctic Frontiers dagsorden og tar til orde for en bærekraftig og kunnskapsbasert utvikling i Arktis.
Sekretariatet er lokalisert i Tromsø på Fram Center. Arctic Frontiers er et non-profitt aksjeselskap 100% eid av Akvaplan-niva.